Use o conversor gratuito Free iPod Vídeo
http://info.abril.com.br/download/4728.shtml da Jodix.com.
Na tela principal clique em add files, pra localizar o arquivo a ser convertido.
Em settings pressione next e em seguida output file para indicar onde o vídeo deve ser salvo.
Para o próximo passo clique em next.
Forneça informações sobre o arquivo em tag editor e pressione ok.
Para finalizar a conversão pressione convert.
Após isso é so adicionar o vídeo a biblioteca do iPod e sincronizar o ipod como micro.